Zu den Fähigkeiten der Flugzeuge des Marinefliegergeschwaders 3 gehören die Überwachung großer Seeräume, die Jagd auf U-Boote sowie die Unterstützung des Umweltschutzes vor den deutschen Küsten.
Die P-3C Orion ist das größte Kampfflugzeug der Bundeswehr. Sie ist ein ausdauernder Späher über dem Meer, sucht mit Sonarbojen U-Boote und bekämpft sie mit Torpedos. Der Seefernaufklärer dient in heimischen Gewässern genauso wie in weit entfernten Einsatzgebieten wie am Horn von Afrika, lässt sich aber auch über Land einsetzen.
Die DO 228 LM sind als „Öljäger“ bekannt. Die Maschinen fliegen täglich über die Nord- und Ostsee. Sie halten Ausschau nach Umweltsündern und sorgen in Kooperation mit zivilen deutschen Behörden dafür, dass deutsche Küstengewässer sauber bleiben.
Das MFGMarinefluggeschwader 3 ist zudem für Infrastruktur und Grundbetrieb des Marinefliegerstützpunkts Nordholz zuständig. Das beinhaltet Verwaltungsaufgaben genauso wie das Instandhalten von Bodengeräten und Luftverkehrsanlagen.