Das Marinekommando ist die höchste Instanz der Deutschen Marine. Es bündelt oberste Verantwortung für Führung, Fachkompetenz und Ausbildung der Seestreitkräfte. Formell ist es dem Bundesministerium der Verteidigung unmittelbar nachgeordnet. An der Spitze des Marinekommandos stehen der Inspekteur der Marine und sein Stellvertreter, der Befehlshaber der Flotte. Das Stabspersonal im Kommando unterstützt sie dabei, ihre Führungsaufgaben wahrzunehmen.
Das Kommando muss darüber hinaus marinespezifische Fachaufgaben erfüllen und die Dienststellen, die ihm direkt nachgeordnet sind, steuern. Dafür ist es in fünf Fachabteilungen untergliedert:
Der Abteilung Personal/Ausbildung/Organisation sind unter anderem die vier Schulen der Marine und das Einsatzausbildungszentrum Schadensabwehr unterstellt. Ein gesondertes Ausbildungskommando wie beispielsweise beim Heer gibt es bei der Marine nicht. Die Abteilung Operation führt die Einsatzflottillen und das Marinefliegerkommando, zu ihr gehört aber auch das Maritime Operations Center in Glücksburg bei Flensburg, quasi die Betriebszentrale für die Flotte weltweit.
Zusätzlich sind weitere selbständige Organisationselemente Teil des Marinekommandos – wie zum Beispiel das Presse- und Informationszentrum der Marine.