Das Evangelische Kirchenamt für die Bundeswehr (EKAEvangelisches Kirchenamt für die Bundeswehr) gliedert sich in drei Referate:
Das Referat I ist zuständig für Personalangelegenheiten in allen Dienststellen der Evangelischen Militärseelsorge und die Bereiche Organisation, Einsatzbegleitung, Ausland sowie Aus- und Fortbildung.
Das Referat II ist zuständig für Seelsorge und Theologische Grundsatzangelegenheiten, Pastorale Dienste, Gemeindearbeit, Lebenskundlichen Unterricht, Ökumenische Beziehungen, Zusammenarbeit mit anderen Gremien, Öffentlichkeitsarbeit sowie den Bereich Intranet-/Internet und organisiert z. B. die jährliche Gesamtkonferenz der Evangelischen Militärgeistlichen.
Die Zuständigkeit des Referates III umfasst die Bereiche Haushalt und Finanzen Bund/Kirche, zentrale Abrechnung des nebenamtlich beschäftigten Personals sowie von Nebengebührnissen (z. B. Reisekosten, Trennungsgeld und Aufwandsvergütung), zentrale und dezentrale Bedarfsdeckungsangelegenheiten, BwFuhrpark-Management, Angelegenheiten des inneren Dienstes im EKAEvangelisches Kirchenamt für die Bundeswehr – z. B. Poststelle und Einsatzsteuerung DienstKfz, ITInformationstechnik-Verantwortlichkeit sowie Infrastruktur. Daneben führen Angehörige des Referates die Fachaufsichtsprüfungen im Verwaltungsbereich bei den nachgeordneten Dienststellen durch.