Das 3. Minensuchgeschwader setzt sich aus den zehn Minenjagdbooten der Frankenthal-Klasse zusammen. Dieser Bootstyp bündelt alle Fähigkeiten der Marine zur sogenannten verbundenen Seeminenabwehr: gezielte Minenjagd und Minentauchen sowie großflächiges Minenräumen.
Seine Boote stellt das Geschwader laufend für nationale und internationale Manöver, Einsätze und Einsatzverbände zur Verfügung. Zwei der Boote des Geschwaders sind in der Regel immer an den beiden großen Ständigen NATONorth Atlantic Treaty Organization-Minenabwehrverbänden im Mittelmeer und Nordostatlantik beteiligt, SNMCMGStanding NATO Mine Countermeasures Group 1 und 2.
Die Minenjagdboote haben mehrere Möglichkeiten, Gefahren unter Wasser zu suchen und zu beseitigen. Entweder steuern sie kabelgelenkte Unterwasser-Drohnen, die Minen identifizieren und vernichten können. Sie setzen Minentaucher des Seebataillons ein, die Sprengkörper an schwer zugänglichen Stellen wie in Häfen oder an Stränden unschädlich machen können. Oder sie lenken die Überwasserdrohnen der Seehund-Klasse, die Motorengeräusche und Magnetfeld von Schiffen simulieren und so Grundminen zur Detonation bringen. Jede einzelne dieser Fähigkeiten oder je nach Lage eine geschickte Kombination aus ihnen hat ein Ziel: sichere Durchfahrtswege für andere Schiffe und Boote zu schaffen.
Neben der Frankenthal-Klasse führt das 3. Minensuchgeschwader auch noch die zwei Minenabwehrboote der Ensdorf-Klasse. Nicht auf dem modernen Standard der übrigen Boote dient diese Reserve des Geschwaders als Ausbildungs- und Werbeplattformen.