Das Referat II wird vom Leitenden wissenschaftlichen Direktor im Kirchendienst Prof. Dr. Thomas Elßner geleitet. Es ist für die Seelsorge, Theologische Grundsatzangelegenheiten, Liturgie, Schriftendienst, Gemeindearbeit, Pastorale Aufgaben und Veranstaltungen der Katholischen Militärseelsorge zuständig.
Es verantwortet zudem den Lebenskundlichen Unterricht (LKULebenskundlicher Unterricht) und koordiniert die Psychosoziale Unterstützung.
Das Referat II ist die Verbindungsstelle zu den Laiengremien sowie Kooperatspartnern KASKonrad Adenauer Stiftung und ZFG und organisiert die alljährliche Internationale Soldatenwallfahrt nach Lourdes.
Prof. Dr. Thomas R. Elßner