Werner Panitzki trat im Oktober 1962 das Amt in einer Phase maximaler Spannung an. Wenige Wochen später erreichte die Kubakrise ihren Höhepunkt. Abschreckung war keine Theorie mehr, sondern konkrete Realität. Panitzki führte eine Luftwaffe, die sich technisch und konzeptionell neu ausrichtete. Der neue Kampfjet F-104G Starfighter stand für Geschwindigkeit, Bündnisintegration und nukleare Teilhabe. Gleichzeitig zeigte sich früh, dass Beschaffung, Ausbildung und Einsatzkonzept nicht immer zusammenpassten. Panitzki sprach das offen an. Er kritisierte Fehlentwicklungen und benannte Risiken, auch gegenüber der politischen Ebene. Damit verschob er den Fokus: weg von reiner Umsetzung, hin zu Verantwortung im System. In einer Institution, die noch jung war und sich nach außen geschlossen präsentieren wollte, war das kein selbstverständlicher Schritt.
Seine Amtszeit endete, oft verbunden mit persönlicher Kritik, 1966 im Kontext der Starfighter-Debatte. Tatsächlich markierte sie einen frühen Punkt, an dem interne Kritik institutionell sichtbar wurde. Panitzki steht damit für eine Form von Führung, die Widerspruch einschloss – und die Frage nach Verantwortung nicht auf die politische Ebene delegierte, sondern sie innerhalb der militärischen Führung stellte.